RAR ve ZIP biçimlerinin ikisi de şifrelemeyi destekler. Dosyaları şifrelemek için arşivlemeye başlamadan önce parolayı belirtmeli veya direkt olarak Arşiv adı ve parametreleri iletişim kutusunda seçmelisiniz. Bu, komut satırında -p[parola] anahtarı ile yapılır. WinRAR kabuğunda parolayı girmek için Ctrl+P'ye basabilir veya Dosya menüsündeki "Varsayılan parolayı ayarla" komutunu seçebilir ya da WinRAR penceresinin sol alt köşesindeki küçük anahtar simgesine tıklayabilirsiniz. Arşiv adı ve parametreleri iletişim kutusunda parola girmek için "Gelişmiş" seçeneklerdeki "Parola ayarla" düğmesine basın.
ZIP'tekinin tersine, RAR biçimi sadece dosya verisini değil diğer hassas arşiv alanlarını da şifreleyebilir: dosya adları, boyutlar, öznitelikler, açıklamalar ve diğer bloklar. Bunu yapmak istiyorsanız şifreleme iletişim kutusunda "Dosya isimlerini şifrele"yi seçmeli veya komut satırında -p[parola] yerine -hp[parola] anahtarını kullanmalısınız. Bu modda parola olmaksızın arşivdeki dosyaların listesini bile görmek imkansızdır.
Katı RAR arşivleri ve şifrelenmiş isimli arşivler, arşivenmiş tüm dosyalar için sadece aynı parolaya sahip olabilir. Katı olmayan ve isim şifrelemesi olmayan RAR arşivlerindeki ve ZIP arşivlerindeki dosyalar için farklı parolalar kullanılabilir.
Girilen parolayı gerekmediği zaman silmeyi unutmayın. Aksi takdirde yanlışlıkla dosyaları şifreleyerek arşivleyebilirsiniz. Parolayı silmek için parola yerine boş bir kayıt girin veya WinRAR'ı kapatıp tekrar çalıştırın. Parola varken anahtar simgesi kırmızı aksi takdirde sarıdır. Ayrıca, arşiv işlemine bir parola kullanarak başlarsanız Arşiv adı ve parametreleri iletişim kutusunun başlık çubuğu iki kez yanıp söner.
Arşiv adı ve parametreleri iletişim kutusunda girilen bir parolayı silmeniz gerekmez. Diğer yöntemlerde olanın aksine, bu arşivleme işlemlerinde parola sadece tek arşivleme işlemi için geçerlidir ve tamamlandıktan sonra otomatik olarak silinir.
Şifrelenmiş dosyaları çıkartırken, işleme başlamadan önce parola girmeniz gerekmemesine karşın yine de girebilirsiniz. Parola çıkartma işleminden önce girilmediyse ve WinRAR şifreli bir dosyayla karşılaşırsa kullanıcıdan parola istenir.
WinRAR’ın desteklediği ZIP 2.0 biçimi, patentli bir şifreleme algoritması kullanır. RAR arşivleri çok daha güçlü olan AES-128 standardı ile şifrelenir. Önemli bir bilgiyi şifrelemeniz gerekiyorsa, RAR arşiv biçimini seçmeniz daha iyi olacaktır. Gerçek bir güvenlik için en az 8 karakter uzunluğunda parolalar kullanın. Herhangi bir dilin kelimelerini parola olarak kullanmayın, karakter ve rakamların kombinasyonlarını kullanmak daha iyidir. Parolaların büyük-küçük harfe duyarlı olduğuna dikkat edin. RAR arşivleri için en uzun parola 127 karakterden oluşabilir. Daha uzun parolalar bu 127 karakter olacak şekilde kısaltılır.
Unutmayın ki parolayı kaybederseniz şifreli dosyaları geri getiremezsiniz. WinRAR yapımcısı dahi şifreli dosyaları çıkartamaz.